Novela přináší výrazné zpřísnění způsobu povolování kácení stromořadí podél silnic a železničních tratí. Zatímco podle současného zákona k tomu stačilo pouze oznámení správce komunikace, novela požaduje povolovací řízení. „Ke zpřísnění jsme museli sáhnout zejména poté, co v některých krajích na jaře 2006 vypukla doslova kácecí mánie a z krajiny zmizely stovky stromů v alejích, které jsou přitom významnými krajinnými prvky,“ vysvětluje ministr Bursík. Povolovat jej budou ve většině případů obecní a městské úřady vždy po dohodě s příslušným silničním nebo železničním úřadem. Pokud k dohodě nedojde, bude rozhodovat nejbližší nadřízený orgán (tedy zpravidla krajský úřad).
Novela přináší také významné zjednodušení administrativy a přiblížení rozhodování blíž k občanům. Mění tedy kompetence jednotlivých orgánů ochrany přírody tak, aby se zjednodušily a pokud možno také koncentrovaly v daném území u jednoho orgánu. Výhodou takového spojení je nejen jeho snadnější dostupnost pro veřejnost, ale také možnost spojení řízení a tedy úspora nákladů pro veřejné rozpočty i občany. V návrhu novely se jednotlivé kompetence orgánů ochrany přírody podrobně vymezují, pro občany tak bude orientace v nich jednodušší. Například na území chráněné krajinné oblasti (CHKO) tak bude jediným orgánem ochrany přírody správa dané CHKO.
Agentura ochrany přírody a krajiny ČR (AOPK) se nově transformuje ve správní úřad zahrnující 13 krajských středisek a 24 správ CHKO. Novela také ruší současnou nesmyslnou praxi, kdy o výjimkách ze zákona o ochraně přírody a krajiny musí rozhodovat vláda. Napříště bude o výjimkách ze zákazů v chráněných krajinných oblastech, národních přírodních rezervacích a národních přírodních památkách rozhodovat AOPK. Na území národních parků bude výjimky ze zákona udělovat správa národního parku. V přírodních rezervacích a v přírodních památkách bude výjimky povolovat krajský úřad. Ve všech případech půjde o standardní režim správního řízení, kde je možné uplatňovat námitky, existuje možnost odvolání a je zajištěno právo účasti veřejnosti. Kromě toho se tak rozhodování dostává blíže k žadatelům o výjimky.
Novela také zavádí zákonné právo krajům nominovat své zástupce do rad národních parků, které leží na jejich území.
